Cycling Probe 법과 SNP typing
Cycling Probe Technology
Cycling probe법은 RNA와 DNA가 혼합된 chimeric probe와 RNase H를 조합한 고감도 검출법으로, 증폭 도중이나 증폭 후에 유전자 단편의 특정 서열을 높은 효율로 검출할 수 있다. Probe는 RNA 부분을 사이에 두고 5’ 말단은 형광 물질로, 3’ 말단은 quencher로 표식한다. 이 probe는 일반적인 상태에서는 quencher에 의해 강한 형광을 발할 수 없지만, 증폭 산물 중의 상보적인 서열과 하이브리드 (hybrid)를 형성하고, RNase H에 의해 RNA 부분이 절단되면 강한 형광을 나타내며, 이 형광 강도를 측정하여 증폭 산물량을 모니터 할 수 있다. Probe의 RNA 부분이 mismatch를 형성하면 RNase H에 의해 절단되지 않기 때문에 단일 염기의 차이도 인식할 수 있을 정도로 매우 특이성이 높은 검출 방법이다.
그림1.Cycling probe 검출 원리
■ Cycling probe법에 의한 SNP typing
Single nucleotide polymorphism (SNP) typing을 할 경우에는 다형성을 나타내는 부위를 커버하도록 RNA 부분을 설정하고, 형광 표식이 각각 다른 wildtype과 변이형의 cycling probe를 디자인한다. 디자인한 probe와 RNase H 존재 하에서 타겟하는 다형 부위를 포함한 영역을 PCR로 증폭하여 실시간 형광 강도의 변화를 모니터링함으로써 신속하고 정확하게 typing을 진행할 수 있다.
그림2. Cycling probe를 이용한 SNP typing
■ Cycling probe법에 적용한 다카라 시약
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