적용 제품	적용 논문
ThruPLEX® DNA-Seq Kit	Differential activation mechanisms of two isoforms of Gcr1 transcription factor generated from spliced and un-spliced transcripts in Saccharomyces cerevisiae
	Epigenetic alteration contributes to the transcriptional reprogramming in T-cell prolymphocytic leukemia

https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1221
Differential activation mechanisms of two isoforms of Gcr1 transcription factor generated from spliced and un-spliced transcripts in Saccharomyces cerevisiae
Seungwoo Cha, Chang Pyo Hong, Hyun Ah Kang, Ji-Sook Hahn

아래 내용은 다카라코리아에서 직접 번역한 내용으로, 해석하는 과정에서 원작자의 의도와 상이한 내용이 포함되어 있을 수 있습니다. 학술 정보를 목적으로 하는 경우 원문을 참고하여 주시기를 바랍니다.


ㄴ Abstract 미리보기



ㄴ Takara 제품을 이용한 method 미리보기
ChIP-seq을 위해 triplicate로 배양된 세포를 각각 회수하여 sonication한 후, 총 3 ㎖ 샘플을 준비했다. 두 세트의 샘플 600 ㎕는 각 protein tag에 따른 항체와 beads를 함께 incubation한 후 reverse crosslinking 하였으며, 이 후 phenol-chloroform-isoamyl alcohol (25:24:1)를 처리하고, -80 °C에서 에탄올과 glycogen으로 침전시켰다. 건조된 pellet은 물로 용해하여 높은 DNA 농도를 위해 모아서 분석하였다.
Gcr1U와 Gcr1S의 ChIP DNA fragment (1-5 ng)의 sequencing library는 Takara의 ThruPLEX^® DNA-Seq Kit로 제작하였으며, 제조사의 프로토콜에 따라 실험을 진행하였다. 간략하게, DNA fragment의 end-repair 과정 후 3’ A-tailing, adapter ligation를 진행하고, 15 cycle의 PCR을 통해 DNA를 증폭한 후 정제하였다. 제작된 library는 Illumina^®의 HiSeq2500 기기를 사용해 single-end sequencing, 50 cycle로 분석하였다.

ㄴ 논문에서 사용된 Takara 관련 제품 알아보기
ThruPLEX^® DNA-Seq Kit (Code R400674)

• 50 pg ~ 50 ng DNA 샘플로부터 Illumina^® 분석용 DNA-seq library를 제작
  - FFPE DNA, ChIP DNA 등 극소량 혹은 degradation 된 샘플에도 적용 가능
• Single tube 내 3-step으로 완료되는 매우 간편한 프로토콜
  - 동일 목적의 타사 제품들과 달리, 중간 정제과정이 없어 샘플 소실 및 오염 최소화

ThruPLEX^® 기술 도입으로, stem loop adapter를 이용해 background data 영향 최소화


https://doi.org/10.1038/s41598-021-87890-9
Epigenetic alteration contributes to the transcriptional reprogramming in T-cell prolymphocytic leukemia
Shulan Tian, Henan Zhang, Pan Zhang, Michael Kalmbach, Jeong-Heon Lee, Tamas Ordog, Paul J. Hampel, Timothy G. Call, Thomas E. Witzig, Neil E. Kay, Eric W. Klee, Susan L. Slager, Huihuang Yan & Wei Ding

아래 내용은 다카라코리아에서 직접 번역한 내용으로, 해석하는 과정에서 원작자의 의도와 상이한 내용이 포함되어 있을 수 있습니다. 학술 정보를 목적으로 하는 경우 원문을 참고하여 주시기를 바랍니다.


ㄴ Abstract 미리보기
T 세포 전림프구성 백혈병 (T cell prolymphocytic leukemia, T-PLL)은 치명적인 임상 결과를 보이는 희귀 질환으로, 세포유전학적 분석, whole-exome / whole-genome sequencing을 통해 T-PLL이 inversion, translocation, CNV (copy number variation)을 비롯한 주요한 구조 변경을 나타내는 것이 확인되었다. 재발성 체세포 돌연변이는 염색질 조절인자를 코딩하는 유전자와 JAK-STAT 신호 전달 경로에서도 확인되었다. 대다수의 암에서 후성 유전학적 변화가 특징으로 나타나지만, T-PLL에서의 genome-wide epigenomic profiling에 대한 연구가 보고되지 않아, 이의 암 발생 과정에 대한 연구에 제한이 있었다. 따라서, 본 논문의 저자들은 T-PLL이 유발되는 데에 후성 유전학적인 매커니즘이 중요한 역할을 한다고 가정하였다. 이 가설을 체계적으로 확인하기 위해, 본 논문에서는 T-PLL 환자와 건강한 사람을 대상으로 진행한 H3K4me3와 H3K27ac의 ChIP-seq과 RNA-seq 데이터를 이용해 조절 영역에 대한 genome-wide map을 제작하였다. 이를 바탕으로 T-PLL에서 down-regulated된 유전자가 주로 방어 기작, 면역 체계 혹은 적응 면역 반응에 주로 관여하고 있는 반면, up-regulated된 유전자는 발달 과정 및 세포 운명을 결정하는데 주요한 역할을 하는 WNT 신호 전달 경로와 연관이 있다는 것을 발견하였다. 특히, 본 논문에서 분석한 바에 따르면, T-PLL에서 DNA 손상 반응과 T 세포 활성화에 관여하는 유전자, 종양 유전자의 후성 유전학적 조절과 관련된 면역 전사 인자와 결합하는 motif가 매우 상이한 피크를 보이면서 조절 환경에서 전체적인 변경을 보였다. 이를 종합하여 볼 때, 본 논문은 T-PLL의 후성 유전학적인 조절 장애와의 관련성을 증명하였다.

ㄴ Takara 제품을 이용한 method 미리보기
H3K4me3는 주로 promoter에, H3K27ac는 active enhancer에 위치하며, 이 두개의 histone mark는 유전자 조절 영역을 mapping하는 데 널리 사용되고 있다. 따라서, 본 논문의 저자들은 anti-H3K27ac 항체와 anti-H3K4me3 항체를 이용해 ChIP을 수행하였다. 이후 5 ng의 ChIP DNA와 Takara의 ThruPLEX^® DNA-Seq Kit를 이용해 ChIP-seq library를 제작하였다. ChIP enrichment는 real-time PCR을 이용해 검증하였으며, 제작된 library는 양 말단으로부터 51개 혹은 101개 염기로부터 HiSeq4000 플랫폼을 이용해 분석되었다.

ㄴ 논문에서 사용된 Takara 관련 제품 알아보기
ThruPLEX^® DNA-Seq Kit (Code R400674)

• DNA 양이 적어, 그간 NGS 분석이 어려웠던 ChIP DNA에 적용 가능
  - 적용 샘플: 50 pg ~ 50 ng의 double strand DNA
• Single tube 내 3-step으로 완료되는 매우 간편한 프로토콜 - 샘플 오염 및 손실 최소화 과정
  
• [적용] ThruPLEX를 이용한 ChIP-seq
• [논문] ThruPLEX^® for ChIP-Seq