• Inputs as low as 10 ng of purified total RNA
• Streamlined workflow for specific enrichment of transcripts of interest
• Generate Illumina®-ready, full-length sequencing libraries from the enriched DNA
• Ligation-independent sequencing adapter addition for library preparation

제품설명

SMARTer® Target RNA Capture for Illumina®는 enriched total RNA로부터 cDNA NGS Library 제작을 위한 complete system이다. Targeted RNA-Seq은 적은 양으로 존재하는 일부 전사체 (transcript)의 sequence coverage와 검출 강도를 높일 수 있으므로 기존의 전장 전사체 분석 (Whole transcriptome amplification (WTA) RNA-Seq)의 여러 가지 한계점을 해결할 수 있다. 또한 기존의 WTA 방식에 비하여 실험 방법이 보다 단순하여 분석 비용을 절감할 수 있다.
cDNA 합성 전, 분석하고자 하는 RNA 전사체만 특이적으로 농축 (Enrichment)함으로써 chimeric gene fusion, transcript isoform, splice variants 등 시퀀싱 과정에서 손실되거나 더 많은 양의 sequencing read number를 요구하는 RNA 전사체의 정보를 효과적으로 잡아낼 (capture) 수 있다. 이에 따라 NGS 데이터의 signal-to-noise ratio의 비율을 감소시킬 수 있으므로 보다 높은 민감도와 분석능으로 NGS 분석을 시행할 수 있다.
SMARTer® Target RNA Capture for Illumina®의 실험단계에서 total RNA 샘플은 연구자가 디자인한 biotinylated DNA probe와 total RNA sample을 Hybridization된다. Hybridized RNA-DNA Complex는 정제 후, streptavidin이 코팅된 magnetic particles - Capture beads에 의하여 분리 (Capture)된다 (그림 1.) Capture Beads는 단백질과 핵산에 낮은 흡착력을 보이기 때문에 PCR 또는 역전사 반응과 같은 추후 실험 반응 (downstream reaction)에 영향을 미치지 않는다. Capture beads는 SMARTer® Target RNA Capture for Illumina® 제품 내에 포함되어 있으며, 별도로 구매 가능하다 (Code 635039).
본 제품은 Clontech 특허의 SMART-Seq® v4 Ultra Low Input Kit for Sequencing 기술의 민감도가 결합되어 있어, enriched transcript로부터 고품질의 full-length Cdna를 합성할 수 있으며 10ng의 RNA로부터 Targeted RNA-Seq Library를 제작 가능할 뿐만 아니라 Clontech 자사 데이터에 의하면 100pg의 total RNA input에서도 성공적인 실험결과를 보였다 (Technical Note 확인하기). 본 제품은 oligo(dT) priming을 이용하며 high-quality RNA sample을 필요로 하며 추가적인 rRNA 제거 과정이나 시약을 필요로 하지 않고 제조된 NGS Library는 Illumina® NGS Platform로 분석 가능하다.


그림 1. SMARTer® Target RNA Capture for Illumina® protocol overview. The protocol through validation is completed over two days, with just 2.5-3 hours of hands-on time and without the need for additional rRNA removal methods or kits.


그림 2. Example electropherogram results from Agilent 2100 Bioanalyzer. Unless indicated, 10 ng of Control Total RNA was subjected to hybridization with HPRT1 Control Probes, capture with Capture Beads, SMART-Seq v4 cDNA synthesis, and amplification for 20 cycles as described in the protocol. Panel A shows a single distinct peak between 1,400-1,650 bp. Panels B and C show no product in the negative controls (no RNA and no probes, respectively). Panel D shows the cDNA profile resulting from 10 ng of Control Total RNA hybridized to probes for 10 different genes, following amplification for 17 cycles.

Application

구성품 (자세한 내용은 CoA를 참고하세요)